Studia drugiego stopnia są adresowane do absolwentów studiów zawodowych z tytułem licencjata, kierunku fizjoterapii. Studia kończą się obroną pracy magisterskiej, absolwenci otrzymują tytuł magistra fizjoterapii. Absolwenci uzyskują wiadomości i umiejętności niezbędne do wykonywania badań z zakresu diagnostyki funkcjonalnej, planowania i kontrolowania efektywności procesu rehabilitacji medycznej, prowadzenia badań i włączania się w pracę zespołów badawczych, kierowania zespołem terapeutycznym, organizacji i zarządzania placówkami oferującymi usługi fizjoterapeutyczne.Absolwenci są przygotowani do podjęcia studiów trzeciego stopnia – doktoranckich. Studenci studiów drugiego stopnia mogą dodatkowo zdobyć uprawnienia instruktora sportu osób niepełnosprawnych. Ponadto absolwenci mogą również uzyskać zaświadczenia potwierdzające zdobyte w trakcie studiów umiejętności stosowania wybranych metod specjalnych fizjoterapii: metody PNF-u, metody Bobath i metody McKenzie, co daje im dobrą pozycję na rynku pracy i czyni ich ofertę bardzo interesującą dla potencjalnego pracodawcy.Absolwenci kierunku fizjoterapii mają też możliwość uzyskania dodatkowej specjalizacji poprzez studiowanie jednego z siedmiu atrakcyjnych modułów zakończonych zaliczeniem i egzaminem.
Proponowane moduły to: odnowa biologiczna i hydroterapia, hipoterapia, terapia sztuką, neurorehabilitacja, rehabilitacja wieku podeszłego i opieka paliatywna, techniki mobilizacji narządu ruchu oraz zarządzanie w służbie zdrowia.
Podobnie, jak w przypadku metod specjalnych fizjoterapii, absolwenci mogą otrzymać stosowne zaświadczenia potwierdzające zdobyte w trakcie studiów umiejętności w zakresie w/w modułów.